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1596년에 허준이 왕명을 받고 편찬을 시작하여 1610년에 완성한 백과사전적 의서. 1611년에 이정구(李廷龜)가 서문을 쓰고, 1613년에 내의원에서 간행하였다. 국립중앙도서관, 서울대 규장각, 한국학중앙연구원 소장본이 국보 제319호로 지정되었으며, 국립중앙도서관과 한국학중앙연구원 소장본은 유네스코 세계기록유산으로 등재되어 있다.
내경편 內景篇
동의보감을 구성하는 다섯편중에 인체 내부에 관한 것들을 담고 있는 부분이다.외형편 外形篇
외형편에서는 몸의 겉에서 관찰되는 부분들의 의학적 기능과 거기에 생기는 질병에 대해 서술한 것으로 머리부터 발끝까지 각 부분에 대해 순서대로 설명하고 있다. 인체의 각 부분을 얼굴, 눈, 코, 치아 등의 머리부분, 가슴, 젖, 배, 허리 등의 몸통부분, 피부, 살, 맥, 근육, 뼈 등의 오체, 팔, 다리, 털, 생식기, 항문 등의 변방의 순서에 따라 구체적으로 서술하고 있는 것은 어느 의서에서도 접할 수 없는 특별한 부분이다. 자세히보기잡병편 雜病篇
잡병편에서는 각종 질병의 발생 원인이나 증상, 특수한 상황에서 생기는 질병과 특정 연령층에서 생기는 질병 등을 구분하여 서술하고 있다. 앞부분에서는 질병의 발생에 관계된 외부적 요인인 운기를 설명하고 병의 진단에서 중요한 변증과 진맥에 대한 내용을 다루고 있다. 다음의 밖에서 들어온 사기와 안에서 발생한 속병 등에 대해 논의한 후에 곽란, 구토, 부종, 창만 등 각종 질병들, 응급요법, 여러 가지 긴요한 처방 등을 다룬다.탕액편 湯液篇
탕액편은 약물에 관한 내용이다.침구편 鍼灸篇
「동의보감」의 마지막 편인 침구편에서는 침구의 실제와 침구운용에 가장 필수적인 내용을 선별하여 기록하고 있다.